Mod odpowiedzi transpondera jest uzależniony od modu zapytania. Z drugiej strony, odbiornik radaru wtórnego oczekuje na odpowiedź modem, o który pytał.
Sposób przeplotu zapytań zmienia się z sektorem (azymutem), i na dobitkę różni się między poszczególnymi obrotami anteny. Cały proceder odbywa się według programu, ściśle określonego dla każdego radaru wtórnego.
Mod zapytania jest zakodowany w postaci okresu powtarzania impulsów zapytujących.

Odpowiedź transpondera, czyli kod, jest ciągiem impulsów, zawartych pomiędzy dwoma impulsami ramki (P1 i P2), odległymi od siebie zawsze o 20.3 mikrosekundy. 4,35 mikrosekundy po impulsie F2 może wystąpić dodatkowy impuls SPI (Special Position Identification). Jego wysyłanie jest włączane przez pilota na żądanie kontrolera, gdy zachodzi potrzeba dodatkowej identyfikacji. Radar wtórny, a dokładniej jego ekstraktor, odróżnia mod złapanej odpowiedzi po charakterystycznych odstępach czasu między impulsami kodu.
Odpowiedź modu 3/A zawiera 6 impulsów, modów B i C - 12. Wartość kodu jest zapisana oktalnie: po trzy bity na cyfrę. Dlatego kod zapisany cyframi dziesiętnymi nie może zawierać cyfry większej od 7. I dlatego na dwóch cyfrach modu 3/A mamy tylko 64 kody, zamiast 99, a w modzie B 4096, a nie 9999.